El presbiterio exhibe un retablo mayor de estilo renacentista, con trazas todavía góticas, terminado en 1530, obra del pintor aragonés Pedro de Aponte, que también pintó los de San Juan Bautista de Cintruénigo en Navarra, San Miguel de Ágreda en Soria y Santiago de Grañén en Huesca.
El retablo comparte una estructura todavía gótica con influencias de la pintura renacentista mediterránea y centroeuropea. Las 41 tablas que componen el retablo están pintadas mayormente al óleo. Lo más importante del retablo es la calle central: el sagrario donde se guarda a Cristo sacramentado, el crucifijo, María, titular de la iglesia y el Calvario, como recuerdo a los fieles del sacrificio de Jesús.
Preside el retablo una hermosa talla gótica de la Virgen con el Niño de mediados del siglo XIV, de gran delicadeza y belleza; un modelo muy similar a la Virgen que preside la portada. Virgen de rasgos dulces, casi sonriente, una virgen que acoge a los fieles
Destaca la riqueza de su programa iconográfico, el mensaje que se quería transmitir a los fieles. El motivo principal es la exaltación de María, como madre de Jesús. El programa fundamental del retablo recoge la Vida de la Virgen, que comienza en el segundo piso con la escena del Abrazo ante la Puerta Dorada, y enlaza en el tercer piso con la Infancia de Jesús. El misterio del sacrificio y muerte de Jesús, la Pasión, en el primer piso y los momentos estelares de la vida de Jesús, con el misterio de la Resurrección en el cuarto piso, vienen a arropar y glorificar a María.
En el segundo piso comienza, de izquierda a derecha, la vida de la Virgen con las escenas de los evangelios apócrifos del Abrazo ante la Puerta Dorada de los padres de María, San Joaquín y Santa Ana, y la Natividad de María; sigue la Inmaculada Concepción rodeada de los símbolos de las letanías lauretanas, y continúan las escenas de los Desposorios de la Virgen María con san José, la Anunciación y la Visitación a su prima santa Isabel.
El tercer piso continúa la vida de María con la infancia de Jesús: el Nacimiento de Jesús, la Circuncisión, la Adoración de los Reyes, la Presentación de Jesús en el templo, la Huida a Egipto y Jesús entre los doctores.
El primer piso recoge las escenas de la Pasión, muy presentes en los retablos de esa época: la Oración en el Huerto, el Prendimiento, la Flagelación, el Ecce-Homo, el Camino del Calvario y La Piedad o las Lamentaciones de María.
El cuarto piso acoge pasajes trascendentales de la Vida pública de Cristo: el Bautismo, la Transfiguración, la Resurrección, la Ascensión, Pentecostés, y Coronación y Asunción de María a los cielos.
Los personajes del guardapolvo y los Evangelistas del quinto piso comunican un mensaje de Iglesia. En la parte superior, en las tablas verticales dos profetas, Jeremías y Zacarías, nos anuncian la venida del Señor. Los apóstoles conviven con Jesús y son los “enviados” para difundir de palabra la predicación y hechos de la vida del Señor. Los evangelistas Lucas, Juan, Marcos y Mateo dan testimonio y ponen por escrito la historia de la vida, doctrina y milagros de Jesucristo.
En los laterales los Padres de la Iglesia: en la izquierda San Ambrosio obispo de Milán y el papa San Gregorio Magno; en la derecha San Jerónimo con el atuendo de cardenal, traductor de la Biblia y el gran teólogo San Agustín; son eminentes maestros de la fe, que conforman el fundamento de la doctrina cristiana.
En la parte inferior cuatro santas mártires y vírgenes portan la palma del martirio: en la izquierda Santa Bárbara y Santa Eulalia o Santa Fe; en la derecha Santa Quiteria y Santa Engracia. Las santas ofrecen su vida, en calidad de mártires, antes que renunciar a la fe. La predela o banco está decorada a base de grutescos y tondos con personajes, quizá uno de ellos Pedro de Aponte.
El retablo es una obra maestra de arte, pero también, y sobre todo, reflejo de la religiosidad de la gente. Le invitamos a detenerse un rato ante él. Si no es usted creyente puede contemplar su belleza. Si es creyente, le invitamos a rezar en comunión con tantos y tantos cristianos que oraron en este lugar a través de los siglos.
Para una explicación de la portada diríjase al exterior, colóquese de frente a la portada y pulse el número 7.