Santa María eliza historian San Pedro elizaren menpeko sartu zen XI. mendean, biak Huescako Montearagon monasterioaren mende. Erriberriko eliza Iruñea eta Aragoiko errege Antso Ramirezek dohaintzan eman zion Montearagoni 1093an. Menpekotasun hura mantendu egin zen, Iruñeko elizbarrutiarekin batera, 1851 arte; hots, Estatuaren eta Vaticanoaren arteko Konkordatuaren egunera arte.
XV. mendearen hasieran, Santa Maria garrantzia eta protagonismoa hartzen joan zen, bikarioa propioa eta parrokia maila lortuz. Bi elizek kabildo bakarra osatu zuten 1851 arte, eta orduantxe, bi parrokia bereizki bihurtu ziren.
Errege Jauregiari atxikita, Nafarroako erregeek eliza ospakizun eta ekitaldi handietan erabili zuten. Hemen erresumako Gorteak, bataioak, ezkontzak eta errege-beilatokiak ospatu ziren. Evreux dinastiako Karlos II.a eta Karlos III.a nafar erregeek dohainekin laguntza eskaini zuten, aldareak eraiki zituzten eta kapilauak eta kofradiak sortu zituzten, eta Blanca erreginak klaustroa eraiki zuen 1432an.
Gaur egungo elizaren lanak XIII. mendearen erdialdean hasi ziren burualdetik. Estilo aldetik, gotiko hasi berria aurki dezakegu, artean eragin zistertarrak dituena. 1330. urtearen inguruan amaitu zen fatxadari so eginez, ordea, bete-betean estilo gotikoarekin topo egingo dugu. Hain zuzen ere, gotiko frantsesaren eragina nabarmena da arkitekturan eta portadako eskulturan.
1767 eta 1772 urteen artean eliza handitu egin zen Kristoren kaperarekin, gaur egun sakristia dena.
Elizaren barrualdea deskribatzeko sakatu 3.