La iglesia de Santa María entra en la historia en el siglo XIII subordinada de la iglesia de San Pedro, dependientes ambas del monasterio de Montearagón, en Huesca, desde que el monarca Sancho Ramírez la dona en 1093. A comienzos del siglo XV, Santa maría va fue adquiriendo entidad contando con vicario propio y consiguiendo el rango de parroquia. Ambas iglesias constituyeron un único cabildo hasta que en 1851 pasaron a ser dos parroquias diferenciadas.
Adosada al Palacio Real, la iglesia fue utilizada por los monarcas navarros para celebrar Cortes del reino, bautizos, bodas y velatorios reales. Los monarcas Carlos II y Carlos III la favorecieron con donativos, altares, capellanías y cofradías, y la reina doña Blanca construyó el claustro en 1432.
Destacan el gótico de su arquitectura, la fachada y el claustro, el Santo Cristo de la Buena Muerte, las imágenes de Santa Brígida de Irlanda, San Joaquín y Santa Ana, el retablo de Pedro de Aponte y el órgano.
La iglesia de Santa María puede visitarse de martes a, domingo de 11:00 a 13:30 y de 16 a 18:00, y los lunes cerrados.